土地增值税清算有哪些高危税务风险，小编今天通过几个典型案例来带您一起来了解一下，希望可以帮助有需要的同学。
实例一
2014年2月，X国土资源局与A公司签订《国有建设用地使用权出让合同》，将X地块出让给A公司，A公司受让该土地用于建设X项目。
2017年12月，X国土资源局作出《闲置土地认定书》，指出因政府原因导致X地块闲置，认定上述土地为闲置土地。
2018年1月，X政府作出《关于收储X地块国有土地使用权的批复》。当月，X土地收购储备中心与A公司签订《国有土地使用权收储合同》，约定A公司同意将上述地块的国有土地使用权由X土地收购储备中心按8,409.11666万元的价格收储。
2019年9月，X税务局Y分局作出《税务事项通知书》，通知A公司X项目应补非住宅土地增值税4,754,540.94元。
税务风险点：与政府签订合同转让闲置土地，不能免征土增税！
分析
很多企业认为只要是政府或政府部门取得纳税人的房地产，都属于征收或征用，可以适用土增税免税政策，而这种理解是错误的。
1. 政府作为民事主体取得纳税人房地产，不属于“征收、收回”，不能免税。
征收或征用是一种行政法律行为，虽然政府及其部门在大多数情况下是行政执法机关，与纳税人之间是管理与被管理的行政法律关系，但是在某些特殊情况下（如不适用《政府采购法》的一般政府采购行为），仍然可能构成民事法律行为的主体，与纳税人处于平等的法律地位。
根据《民法典》第二百四十三条，为了公共利益的需要，依照法律规定的权限和程序可以征收……组织、个人的房屋以及其他不动产……征收组织、个人的房屋以及其他不动产，应当依法给予征收补偿，维护被征收人的合法权益；征收个人住宅的，还应当保障被征收人的居住条件。
这个实例当中，X土地收购储备中心收回了闲置的X地块，首先，X土地收购储备中心没有征收权；其次，X土地收购储备中心没有通过《征收土地告知书》的形式收回，而是与A公司签订《国有土地使用权收储合同》；再次，X土地收购储备中心支付了8,409.11666万元，有较高溢价。可见案涉土地的收回是一种双方协商一致的民事法律行为而非征收或征用。
2. “征收、收回”有特定含义，如不满足法律规定条件，可能仍不能免征土增税
即便政府及其部门实施征收、征用，取得纳税人的房地产，也未必一律属于土增税免税范围。根据《土增税暂行条例实施细则》，“征收、收回”限于两种情况，其一：因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用房产或收回土地使用权。其二：因城市实施规划、国家建设的需要而搬迁，由纳税人自行转让原房地产。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）对此问题进行了进一步明确，指出：因“城市实施规划”而搬迁，是指因旧城改造或因企业污染、扰民（指产生过量废气、废水、废渣和噪音，使城市居民生活受到一定危害），而由政府或政府有关主管部门根据已审批通过的城市规划确定进行搬迁的情况；因“国家建设的需要”而搬迁，是指因实施国务院、省级人民政府、国务院有关部委批准的建设项目而进行搬迁的情况。
由此可见，土增税免税范围所指的“征收、收回”，限于财税〔2006〕21号规定的原因，如果非因上述“城市规划”、“国家建设”等原因，实施了征收、征用，能否适用土增税免税政策，还需了解当地的税收政策。
风险防范建议
1.深入研究当地税务政策，明确哪些情况属于“征收、收回”免征土增税的范围，对政府收回土地能否免征土增税有一个预判。
2.积极与当地税务机关沟通，阐明“征收、收回”免征土增税的立法目的在于将正常市场交易活动以外的房地产转让排除在应税行为之外，从而争取将财税〔2006〕21号范围以外的房地产转让纳入免税范围当中。
实例二
2008年3月，A公司开始对X项目进行房地产开发。
2013年6月，X项目竣工结算。
2016年11月，A公司申请对X项目进行清算，并提供了《清算报告》。根据《清算报告》，X项目应缴土增税897,214.4元，已预缴9,351,044.87元，应退税8,453,830.47元。
2018年1月，A公司向X州Y市税务局递交了《关于土地增值税清算几个事项的请示》，提出X项目拆迁还建面积7,970.04㎡，根据税法规定，拆迁安置房应当视同销售计算收入，同时可以等额计入扣除项目。故A公司确认拆迁还建面积对应的销售收入和扣除项目相等，此部分面积增值额为0。
2019年3月，X州Y市税务局作出《房地产开发项目土地增值税清算审核通知书》，认为X项目应缴纳土地增值税8,267,736.86元，已预缴9,351,044.87元，应退税1,083,308.01元。
税务风险点：实物形式的拆迁补偿不能单独归集为拆迁还建面积的收入和成本。
分析
根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号），“房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第三条第（一）款规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费”。
由此可见，拆迁还建项目，安置房应视同销售确认收入，同时，可以等额确认拆迁补偿费，计入土增税扣除项目。
一些企业认为，拆迁还建面积的视同销售收入与扣除项目完全相等，故无需确认这部分面积对应的增值，这种想法是错误的。
根据《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发〔2009〕91号）第二十一条第（五）项，“纳税人分期开发项目或同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采取合理的分配方法，分摊共同的成本费用”。
由此可见，土增税成本费用分摊的基本原则从来不是对应原则，而是受益原则，即对于一类成本，应当归集分摊到该成本对应的全部受益对象当中，而不能直接归集到对应面积当中。
这个实例当中，实物拆迁补偿之所以确认成本，是因为企业为了取得土地使用权，放弃了本对拆迁还建部分所享有的自由处分权，而对此权利的放弃，最终目的是实现整个项目的建设。如果不作出此种放弃，则整个项目无法成行，足可见实物拆迁补偿是不满足明确指向和受益唯一两个条件的，所以不能专属分摊至拆迁还建面积当中。
风险防范建议
- 深入研究当地税务政策，并事先与税务机关沟通，明确当地税务机关口径。
- 按照国税发〔2009〕91号及当地税务政策的规定确认清算单位，归集成本费用。
除了上述这两个近期发生的实例暴露出来的土增税的税务风险外，还有以下这些土增税的税务风险需要引起大家关注和防范的：
风险1：名股实地转让交易被“穿透”征收土增税
风险防范建议：
- 转让股权所对应的公司资产不能完全由土地使用权、地上建筑物及附着物组成，可以适当加入固定资产、无形资产等其他类型的资产，避免被认定为“名股实地”。
- 合同拟定的股权转让价款的计算方法不能以房地产估值为依据或者明确与房地产价值相关联，应当以市场法、收益法、资产基础法等合法的股权估值手段评估股权价值，确定股权转让价款。
- 与税务机关沟通，积极提出国税函〔2000〕687号、国税函〔2009〕387号、国税函〔2011〕415号涉嫌违背上位法或者不具有普遍适用性的理由，避免税务机关以批复作为法律依据作出处理决定。
- 在商业交易模式允许的情况下，尽可能避免土地占有权或使用权权在不同主体之间的流转，包括资产直接流转和通过资本交易模式间接实现的资产流转。通过缩短土地流动链条，降低土增税风险。
风险2：未单独核算商铺增值额被调整土增税
风险防范建议：
- 事先与税务机关沟通，明确当地税务机关口径。
- 有条件的情况下尽可能按照当地税务机关发布的文件进行区分核算。
- 确有不服的，在提起行政复议时，可以一并申请复议机关对抽象行政行为进行审查。
风险3：发票抬头与项目公司不符，不能列入土增税扣除范围
风险防范建议：
- 按照国家税务总局公告2018年第28号及相关规定，归集成本凭证，确认土增税扣除项目。
- 当地税务机关发布的文件另有具体或细化要求的，按照当地政策执行。
- 成立项目公司进行房地产开发的，注意尽快将土地使用权登记在项目公司名下，以项目公司对外签订总包、分包合同及其他与项目开发相关的合同，取得以项目公司为抬头的发票。
- 不成立项目公司，合作进行房地产开发，取得“双抬头”凭证的，在经当地税务机关认可后，可以以分割单的形式确认扣除项目。
风险4：转让旧房时取得购房发票不满一年的风险
风险防范建议：
- 购进房地产应当要求出售方及时开具发票。
- 企业外购资产的发票应当妥善留存，避免遗失、毁损。
- 转让旧房难以取得评估价格，又无法提供当期购房发票的，如果购房时间较为久远，房地产增值偏高，则应直接申请采用核定征收法，避免补开发票。如果房地产增值较低，则可以自行选择更加节税的方法。
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